神召神學院前身為廣州怡樂村「神召聖經學院」 (Ecclesia Bible Institute) ，創校院長為加拿大神召會來華宣教士馬理信牧師 (Rev. J. Elmor Morrison) 。其實之前先賢早洞燭先機，在四會一帶開辦聖經班，栽培傳道人。至 1947 年方在廣州設校。
1950 年代初葉遷港，並於 1953 年在新界沙田購地興建院舍， 1954 年落成啟用。五十年後 2002 年又遷往屯門現址。
1983 年應時代需要，將三年制的聖經學校，改為四年制的神學院，提供學位課程，同時易名「神召神學院」 (Ecclesia Bible College ) 。 1997 年再增添碩士課程，及特為信徒而設的《教會事工證書課程》。為配合區內發展及提供教牧進修，於2005年開辦教牧學博士課程。
為了確保本院教育方針維持五旬宗特色，並提高學術水準，本院在 1990 年九月加入亞太神學協會 (APTA: Asia Pacific Theological Association ) 為成員。亞太神學協會乃由亞太區內 125 間神召會院校組成之機構，旨在促進成員學院間之聯繫和合作。亞太神學協會於 1997 年認可本院頒授之學位及文憑課程。同時，本院亦為亞洲神學協會 (Asia Theological Association) 附屬會員。
本院成立以來，畢業同學超過四百人，分佈本港、澳門、中國、東南亞、歐、美、澳洲等地，從事牧會、開荒、宣教、福音廣播、神學教育、社會福利及教育各類事奉。
過去「神召」乃隸屬美國及加拿大兩神召總會，學院管理由兩總會委出。不過差會一直篤信差傳「三自」原則，遂 趁遷址之便，將學院及業權轉送本地教會。 2001 年一月成功立案「神召事工有限公司」 (Ecclesia Ministries Limited) ，正式由本地教會接管業權，管理院政。
